控制论认为，内部控制制度是领导和组织企业开展经济活动，建立纵横联系的程序和方法，使之分工协调、互相配合、监督检查、纠正错误、提高效率、贯彻方针政策、完成计划，保护资产安全与完整的一种控制方式。与一般的管理制度不同，内部控制制度是一种特殊形式的管理制度。一般管理制度是以管理某种经济事项为内容的一种规章制度，内部控制制度则是以一个企业的经济为总体，按所属控制系统建立内部控制体系的一种控制方式。因此，它与一般的管理制度不同，具有以下几个方面的主要特征：
        ①内部控制制度是在系统理论的指导下，把企业看成是一个总体，并把构成总体的各个组成部分（要素）看成是一个个系统。例如：企业的整个企业营销生产经营活动是一个总体，而构成生产经营活动的人、财、物、信息、技术、购、产、销、存、运、会计、统计、计划、审计、劳动组织等各个因素，都作为这个总体的所属系统，并以各个所属系统来建立内部控制制度的。因此，从主体上来说，内部控制制度是以企业为主体的。

        ②内部控制制度以企业内部的经济活动为客体，并根据各项经济活动过程的环节，按其所属系统制定一套完善而又严密的纵横联系的程序和方法，使各项经济活动在各个职能部门和环节之间保持分工、协调、均衡和衔接，自动监督检查，纠正错误，使各项经济活动按照企业的方针、政策、计划的要求正常地进行，以完成计划，实现预定的目标。
        ③内部控制制度的中心内容，就要要求自上而下、自下而上建立一套完整的岗位责任制、各项管理制度和报告制度，以及内部审计制度，并为这些制度的建立，确定各项原则和方法，以此来激励人们用创新精神，努力做好各自的本职工作。做到人人各司其职、各尽其责、忠于职守、勤奋工作，使所有的经济活动达到高效率化、高效益化、科学化、规范化和标准化。
        ④内部控制制度是把其各项原则和方法，贯穿在整个企业的各项规章制度、管理报告制度、岗位责任制度、内部审计制度和各个组织机构之中，用条文的形式予以确定下来。因此，任何一个企业都不会以单独的形式来建立内部控制制度，而是将内部控制制度体现在上述各项制度和组织机构中。